由于受生产力低下和科学发展水平的限制，又受剥削阶级偏见的影响，特别是受战国中期掀起的唯心主义思潮的干扰，在孙膑的哲学思想中，也带有一些比较明显的缺陷和局限。
（一） 杂有阴阳五行说的神秘成分
在孙膑论述的有关军事的天文、地理和战争注意事项中。有一部分是没有科学根据的，带有浓重的迷信色彩。
如他论述战争的胜败与天时的关系，说："抚（按）时而战，不复使其众；无方（方法、战术）而战者，小胜，付（符）于历者也。""十战而六胜，以星也；十战而七胜，以日者也；十战而八胜，以月者也；十战而九胜，月有（下缺）。"（《月战》）孙膑认为，战争的胜败与发动的时间和星辰日月的位置及其状况关系极大。这显然是一种十分荒诞的神秘主义学说。古代"兵阴阳家"要求战争的指挥者"顺时而发"（《汉书·艺文志》），宣传在一定的"时日"发动就吉利。孙膑受这种思想的影响，称述"抚时而战"，便能取得大胜，因而"不复使其众"；如果"无方而战"而取得"小胜"，那是因为符合于历数的缘故。古代"兵阴阳家"又主张，战争的胜败与日月星辰有关。《淮南子·兵略训》说："明于星辰日月之运，??此战之助也"，就是认为日月星辰的运行，能帮助战争取得胜利。据说当时匈奴作战，"举事而候星月、月盛壮则攻战，月亏则退兵"（《史记·匈奴列传》），可能就是受了中原华夏族兵阴阳家的影响。孙嫔宣称：以星而战，"十战而六胜"；以日而战，"十战而七胜"；以月而战，"十战而八胜"；以月之盈亏圆缺而战，"十战而九胜"。这就把兵阴阳家的神秘学说，更加推向极端。它的反科学性是十分明显的。
对于战争的胜败与地形的关系，孙膑的论述也有一部分是受当时阴阳五行学说的神秘思想的影响的。加他说："南陈之山，生山也；东陈之山，死山也。东注之水，生水也；北注之水，死水。""五壤之胜：青胜黄，黄胜黑，黑胜赤，赤胜白，白胜青。""军与阵皆毋政（正）前右，右周（旋）毋左周。"（《地葆》）上述这些地形与战争胜败的规律，同样是没有科学道理的：为什么向南陈列的山是"生山"，在这种山上作战有利；而向东陈列的山是"死山"，在这种山上作战就不利。会陷于死地呢？为什么向东注的水是"生水"，而向北注（如流入长江、黄河、淮河、渤海）的水是"死水"呢？为什么五种颜色的土壤，一定是"青胜黄，黄胜黑??"，而且是循环地相胜呢？为什么军队与阵形不能对"前右"方的队列有所改正，而其他方向则没有这个禁忌？为什么军队与阵形在移动时要向右旋转，而不能向左旋转？这些稀奇古怪的陈述和戒律，只能是当时阴阳五行学说的迷信思想。
战国中期，阴阳五行的神秘学说已相当盛行。《史记·孟子荀卿列传》载，"齐有三驺子"，其中的驺衍，"深观阴阳消息而作怪迂之变，《终始》、《大圣》之篇十余万言"。他的著作，"载其样度制"."称引天地剖判以来，五德转移，治各有宜"。于是，"驺子重于齐。适梁，惠王郊迎，执宾主之礼"。《史记·封禅书》又说："齐威、宣之时，驺子之徒论著终始五德之运。"可见，驺衍宣扬阴阳怪迂之变，把"五行"说扩大至方位、颜色等内容，并附会到社会历史变动和王朝兴替上来，这股思潮的兴起，是在齐威王、宣王和魏惠王之时：而它的倡导者"三驺子"，又都是齐国人，正和孙膑同时同国。据司马谈的分析，邹衍之类的阴阳家，其"阴阳之术，大祥而众忌讳，使人拘而多所畏"："阴阳、四时、八位、十二度、二十四节，各有教令，顺之者昌，逆之者不死则亡。"（《史记·太史公自序》引（《论六家要旨》）《太平御览》卷三二八引《孙子占》曰："三军方行，大风飘起于军前，右周绝军，其将亡：右周中其师，得粮。"文中的"右周"，是军队向右旋转之意，正与孙膑在《地葆》篇中的用语相合。从这里关于"右周"的叙述来看，带有明显的迷信色彩。它一说"绝军，其将亡"：又说"中其师，得粮"，真是"大祥而众忌讳，使人拘而多所畏"。《御览》卷八还有一条谓："孙于称司云气，非云非烟非雾，形似鸟兽，客吉，主人忌。"这分明也是阴阳家的东西。《孙子占》虽不一定是孙膑所自著，很可能是后来的阴阳家附会上去的。但由此也可见，孙膑生当阴阳家的怪诞思想泛滥靡漫的时代，又在这种思想最流行的国家，他的军事哲学受到阴阳家的严重干扰，甚至与阴阳家有着千丝万缕的联系，原是不足怪的。
神秘的阴阳五行学说在《孙膑兵法》中的反映，辽可以找到一些言论，如书中说："阴阳，所以聚众合敌也"（《行篡》）；"分之以奇数，制之以五行。"（《奇正》）这前句强调，要以"阴阳消息"作为"聚众合敌"的根据，其中肯定有许多迷信观念；后句提出，要"以五行"相克的原理来"制"胜敌人，如土壤颜色上要以"青胜黄"，在山上作战要以南胜东，在水中作战要以东胜北.在军队布阵或移动时要以右胜左，等等。这些按"阴阳"消息作战和"五行"相克制胜的言论，说明孙膑受阴阳家迷信思想的影响之深。在山东临沂银雀山的汉墓中，与《孙膑兵法》同时出土的有一部分阴阳书以及关于风角、灾异、杂占的残简。据有关专家分析，这些残简"虽大多是阴阳术数迷信荒诞之辞，但仍不脱兵家之言"，其文辞与《御览》引《孙子占》有类似之处，可能是"《孙膑兵法》之附录"（罗福《临沂汉简概述》，《文物》1974 年第2 期）。由于《孙膑兵法》中有较多的阴阳家的迷信思想，引来一些"兵阴阳家"附着于其上进行穿凿解释，到汉初这些阴阳杂占之书就与孙膑的兵法书混在一起了。
应该指出，阴阳五行学说在春秋时代是作为一种朴素唯物主义的世界观而发展起来的。在孙武的军事哲学中，这种学说的朴素唯物主义性质还相当明显。如他说："天者，阴阳、寒暑、时制也"："五行无恒胜。"这里的"阴阳"，如昼夜、晴雨的变化，只是和"寒暑、时制"一样，作为战争指挥者应当熟悉的条件；这里的"五行"，也没有一个绝对的"恒胜"法则，反映了自然界的本来面貌，但在孙膑那里，"阴阳"成了"聚众合敌"的依据，"五行"成了制胜敌人的法宝，甚至时、星、日、月都可以决定战争胜负。神秘迷信的成分显著增加，这不能不是军事哲学上的一个倒退。与孙膑同时代的尉缭，曾经批评那种认为黄帝是依靠"阴阳向背"之术而取胜的说法。他论道："刑以伐之，德以守之，非所谓天官。时日。阴阳。向背也。黄帝者，人事而已矣。"（《尉缭子·天官》）在坚持朴素唯物的世界观，与阴阳五行说的迷信思想进行针锋相对的斗争方面，孙膑与同时代的尉缭相比，显得大为逊色。
（二） 历史观中的矛盾
同孙武以及一切剥削阶级的思想家一样，孙膑的历史观也有夸大统治阶级个人作用的弊病。在谈论事物的发展过程时，他总是把"明王圣人"抬出来，认为这些人是聪明绝顶，可以谋划、决定一切的。如他说"唯明王圣人知之，故能留之"（《行篡》）；"故无大兵者自力备，圣人之事也"（《势备》）；"圣人以万物之胜胜万物，故其胜不屈。"（《奇正》）在用射箭来比喻打仗时，他论道："矢，卒也；弩，将也；发者，主也。"（《兵情》）这里士卒被比喻成可以任意摆弄的箭，而君主则是起决定作用的发射者。在谈到将帅的作用时，他认为"王者之将"如果"知道"（懂得规律），便可以"安万乘国，广万乘王，全万乘之民命"（《八阵》）。这与孙武所说的："知兵之将，生民之司命，国家安危之主也"，如出一辙。
在评价孙膑的历史观时，同样应该指出，由于历史的经验和战争实践的教训.孙膑在一定程度上也能看到人民力量的伟大。如他说："其强在于休民"（《篡卒》），指出了国家要强盛必须使民得到休息，否则人民不能进行生产和不出力打仗，就会使国家贫弱。在谈到将军应该具备的品质时，他又说："（将）不信于赏，百姓弗德；不敢去不善，百姓弗畏。"（同上）可见将军的威信是建立在"百姓"（士兵和人民）之上的；如果"百姓弗德"、"弗畏"，将军就会成信扫地。对于将军的命令，士兵也有"听"和"不听"两种反映。孙膑指出："赏未行，罚未用，而民听令者，其令，民之所能行也：赏高罚下，而民不听其令者，其令，民之所不能行也。"（《奇正》）显然，"民不听其令"，军队就会无法指挥。因此，将军的命令必须得当而能为民所接受。在许多场合，孙膑表述了人民在战争中的巨大力量。他说："兵失民，不知过（过错）者也"；"兵不能胜大患，不能合民心者也。"（《兵失》）"民苦其师，可败也。"（《将失》）他把人民对军队的拥护和支持，看得十分重要：如果军队的行动"合民心".就能"胜大患"；反之，如果"兵失民"、"民苦其师"，那将铸成过错而导致战争的失败。在谈到将帅与兵民的关系时，孙膑还指出："为民赇也，吾所以为贼也，此兵之久也。"（《行篡》）他强调，将帅"为赇"（以财物赏赐兵民），是"为民赇"（使兵民能出死力战斗来答谢将帅）。这样，将帅与兵民关系融洽，能互相酬劳和答谢，是军队能长"久"取得胜利的保证。
显然，在孙膑的历史观中，同样存在着矛盾：他一方面夸大明王、圣人、君主、将帅在历史上的作用，一方面又觉得士兵、民众在军队作战中有着深厚的力量。因而他主张君主将帅要"休民"、"合民心"，尽量顺应士兵民众的要求，才能国富兵强，长久取胜。孙膑认为人民是不可欺侮和虐待的。否则将会带来严重的后果。他的历史观中有相当进步的成分。但是，掌握国家命运、决定历史发展的，仍然是"知道"的统治阶级中的少数人。
（三） 时有片面性、绝对化弊病
由于孙膑在观察和处理问题时所使用的辩证方法，还是朴素的、直观的，因而不能贯彻始终，有时又暴露出其片面性和绝对化的倾向。例如在攻与守的问题上，本来应该根据敌我双方的条件，灵活地采取攻还是守的方针，但是孙膑却说："必攻不守，兵之急者也。"（《威王问》）在任何条件、场合下，如敌强我弱、敌众我寡、面对不利的地形等等，都一定要以攻为主，把攻作为最急需要做的事，这不能不是机械绝对的形而上学思想。孙膑强调"天地之间，莫贵于人"，十分注意发挥人的主观能动作用，但在某些论述中，他又只见地形、物质等条件，而忽视了事在人为的原则.对人的能力作用估计不足。如他说："绝水、迎陵、逆流、居杀地、迎众树者，均举（去）也，五者皆不胜。"（《地葆》）对于上述五种地形，当然会给战争带来困难，但指挥者可以施用计谋，把敌人引出来，或迂回到敌人背后，给以出其不意的打击。孙膑先下结沦"五者皆不胜"，并叫人们不战而去，逃避敌人，这无疑是一种见地不见人的片面观点。在《雄牝城》一篇中，孙膑完全从地形着眼，把城分为"不可攻"的"雄城"和"可击"的"牝城"两大类，而完全忽视了人为的因素，如军队的多寡、强弱，将帅的指挥能力，官兵军民关系是否和谐，敌人有无外来援兵，等等。在孙膑看来，只要城的地形条件好，不管城中守军如何寡少懦弱，将帅如何无能，官兵军民有很深的矛盾，都"不可攻"。这当然又是片面的，绝对的。
上述诸种局限中，阴阳五行说的迷信成分是孙膑哲学思想的一个较大的缺陷，是他受了时代思潮的影响而又不加辨别、盲目信从的结果；历史观中的矛盾和时有片面性、绝对化的弊病，是旧唯物主义的一般缺点，是他那个时代在所难免的。这些局限与孙膑大量的表现其朴素唯物主义世界观、认识论与辩证思想方法的言论相比，毕竟居于次要的地位。在评论孙膑的哲学思想时，既要肯定和颂扬它的主流，又应当批评它的支流，并指出它产生的原因。这才是历史的辩证的态度。
